Instytut Informatyki Stosowanej WFAIS UJ został powołany 22 stycznia 2020 roku. Powstał na bazie Zespołu Zakładów Informatyki Stosowanej i zrzesza trzydziestu naukowców w czterech zakładach. Zakład Projektowania i Grafiki Komputerowej skupia naukowców tworzących interaktywne systemy komputerowego wspomagania projektowania wizualnego, ze szczególnym uwzględnieniem wykorzystania wiedzy projektowej w problemach decyzyjnych na wstępnym etapie projektowania. Pracownicy Zakładu Technologii Gier rozwijają technologie wykorzystywane przy tworzeniu gier wideo. Zakład Technologii Informatycznych zrzesza ludzi, których pasja jest tworzenie inteligentnych systemów informatycznych posiadających zdolność uczenia się, pozyskiwania (ang. data mining) i generowania wiedzy (ang. knowledge mining) oraz ich praktyczne zastosowanie do rozwiązywania rzeczywistych problemów. W Zakładzie Zastosowania Metod Obliczeniowych podejmowane są badania dotyczące metod obliczeniowych.
Dyrektorem Instytutu jest prof. dr hab. Piotr Białas.
Kadra Instytutu kształci studentów w ramach dwóch specjalności: Informatyka Stosowana oraz Informatyka Gier Komputerowych.